Ludwig von Ysenburg aus einem rheinischen Uradelsgeschlecht, welches nach seiner um 1100 im Sayntal erbauten Burg benannte, erscheint 1258 unter den Erben der Herren von Büdingen. Durch geschickte Politik gelang es ihm und seinen Nachfolgern, ein geschlossenes Territorium um den Büdinger Wald aufzubauen, das um 1419 durch den Erwerb der Dreieich südlich des Mains bedeutend vermehrt und 1442 zu einer Reichsgrafschaft erhoben wurde. 

Unter der Regierung des Grafen Ludwig II von 1461 bis 1511 wurde die Grafschaft endgültig arrondiert und Büdingen zu er noch heute wohlerhaltenen Residenz und Festungsstadt ausgebaut. Sein Bruder Diether stieg zum Erzbischof von Mainz auf und gründete 1477 die dortige Universität.

Ein Erbvertrag von 1517 führte dann zur Entstehung zweier Linien, die sich nach Ihren Residenzen Birstein und Ronneburg nannten. Die Reformation fand unter dem Grafen Anton (1501-1560) Eingang. Von der hohen Blüte der Renaissance zeuge seine rege Bautätigkeit und auch der Bildschmuck des Büdinger Schlosses. 

1601 wurde das Territorium wieder in der Hand des Grafen Wolfgang-Ernst (1560 bis 1633) vereinigt, der sich dem reformierten Bekenntnis zugewandt hatte. Er begann mit dem Aufbau einer effektiven Verwaltung und förderte merkantilistische Bergbau- und Hüttenprojekte.

Die Wirren des Dreißigjährigen Krieges machten die Reformansätze jedoch weitgehend wieder zunichte. Da die Söhne des Grafen sich dem Schwedenkönig Gustav Adolf anschlossen, wurde die Grafschaft 1634 von kaiserlichen Truppen eingenommen. Das Büdinger Schloss entging zwar der Zerstörung wurde aber vollständig geplündert. 

Die Ysenburger mussten ins Exil gehen, Ihr Land wurde dem Landgrafen von Hessen-Darmstadt zur Verwaltung unterstellt. Erst die Amnestie des Westfälischen Friedens stellte den ursprünglichen Zustand wieder her. Die alte Geschlossenheit der Grafschaft ging bald verloren.

1684 kam es zur Hauptteilung in die heute noch bestehenden Linien Birstein und Büdingen. Drei Jahre später wurde der Büdinger Anteil nochmals in die Herrschaften Büdingen, Wächtersbach und Meerholz unterteilt. Trotz der Zersplitterung erlangten diese Gebiete zu Beginn des 18. Jahrhunderts eine große geistige Ausstrahlung. 

Unter dem Einfluss des Pietismus verbanden sich wirtschaftliche und religiöse Motive zu einer ausgeprägten Toleranzpolitik. Die Grafschaft Ysenburg wurde zu einer „Freistatt des Glaubens“ für Bedrängte aller Art: Waldenser und Hugenotten, Neutäufer und Separatisten. 

Das weitreichende Toleranzpatent des Grafen Ernst Casimir von 1712 erwies sich auch für die aus Sachsen ausgewiesenen Herrnhuter unter dem Grafen Zinsendorf als Magnet, die 1738 den Herrenhaag bei Büdingen anlegten. Als „Stille im Lande“ fanden auch die sog. Inspirierten eine Bleibe bis zur geschlossenen Auswanderung 1842 nach Amerika.

Die politische Entwicklung im 18. Jahrhundert mit Ihren wirtschaftlichen Problemen verhinderte, dass Schloss Büdingen einen Neubau im Barocken Geschmack der Zeit weichen musste. Sein einzigartiger Charakter als Herrensitz der Stauferzeitblieb so erhalten. 

1806 vereinigte Karl von Isenburg aus der 1744 zu Reichsfürsten erhobenen Birsteiner Linie (welche die Namensform mit I annahm) die Teilgrafschaften zu einem souveränen Fürstentum Isenburg, das nur bis zum Wiener Kongress Bestand hatte. 

1816 wurde das Staatsgebiet unter Hessen-Darmstadt und Hessen-Kassel aufgeteilt, aus Landesherren wurden nunmehr Standesherren. 1840 wurde die Büdinger, 1865 die Wächtersbacher Linie gefürstet. Nach dem Erlöschen der Büdinger und Meerholzer Linien im Mannesstamm im 20 Jahrhundert wurden die Linien unter Fürst Otto-Friedrich wieder vereint. 

1943 bezog er mit seiner Familie das alte Stammschloss in Büdingen, welches in Folge sorgsam restauriert und mit dem Schlossmuseum 1951 der Öffentlichkeit zugänglich gemacht wurde.